У меня открыто ИП в Грузии. Если у меня открыто два счета в одном банке (банк Грузии), в налоговой указан один из этих счетов. Получается, она только один конкретный счет и будет видеть?

Налоговая, если Вы работаете бзе НДС, может вообще ни одного из Ваших счетов не видеть. Можно вообще счет в лк налдоговой не подвязывать. И работать Вы можете не обязательно с одним счетом, можете и с несколькими, но тогда ведите Журнал учета доходов в произвольной форме, например, в виде табилцы в ексель. если работаете с одинм счетом, то таким Журналом является Ваша выписка ос счета.