Если я правильно понял, то по правилам с ВНЖ можно находиться в другой стране шенгенской зоны 90 дней. Как эти 90 дней отсчитывают, если между странами нет паспортного контроля? Нужно где-то регистрироваться по прибытии?

За методы отсчета и контроля отвечает ваш филиал ABH. Они коммуницирует с любыми, абсолютно любыми департаментами в Европе и по надобности делают соответствующий запрос. В случаетсомнений - это ваша проблема будет доказывать, что вы не верблюд и предоставить всякие доказательства, типо платежи карточкой в ближайшем продуктовом, когда продлять будете. Но это я хоррор-сценарий описываю. Если какой чиновник рогом упрётся.