Подскажите, есть Испанская виза, но нужно попасть в Чехию. Можно ли прилететь в Испанию, чтобы открыли визу и потом лететь в Чехию? Или только по сухопутной границе можно ?

Так если у вас есть Испанская виза без проблем летите в Чехию.

Можно. Если у вас гражданство РФ, сначала в Испанию. Потом уже внутри Шенгена любым маршрутом в Чехию.

Если вы уже будете внутри Шенгена (например в Испании), то оттуда в Чехию самолётом улетите без проблем. Нельзя только с российским паспортом лететь в Чехию из-за пределов шенгенской зоны.