У кого есть ИП в Грузии, скажите, правда ли то, что налоговая может заподозрить, что все наши ИП это регулярная работа, а не подрядничество, и пересчитать все взад аж до 3-х лет?

Да, может такое быть Прецеденты есть ток с ООО С ИП нету (пока что)

Если работаете дистанционно, заказчик иностранный, Ваш доход до 500 к лари в год, деятельность соответствует заявленной по малому статусу и в договоре прописаны отношения Исполнитель-Заказчик без признаков трудовых отношений, то все остальное не имеет никакого значения. Можете иметь хоть одного заказчика всю жизнь, работать хоть одинаковое количество часов каждый месяц и договориться на оплату так, как Вам удобно. Это Ваше право.