Подскажите, а ипэшникам как визы Японии дают? Или лучше подавать как сотрудник компании?

«фрилансер» и подают выписку с остатком по счету, соответственно ни в анкете не пишут о месте работы, ни справки нет с работы.

Я работаю как самозанятая, просто делала выписку со счета, и все с работы никаких выписок не давала.

Можно и так и так : если сотрудник то стандартно справка с места работы; если вы ип : выписка с егрп, выписка со счета вашей организации, свидетельство о постановке на учёт , и справка с места работы ( меня попросили написать справку на себя), хотя везде пишут что на себя писать нельзя.