На конкретный вопрос -на чем можно доехать из Таллина ( кроме автобусов до СПб) до границы -никто конкретного ответа не даёт.

И на Эстонской, и на российской стороне общественный транспорт не ходит ночью. Поэтому, или ночевать в Таллине, или заказывать такси. Днем по Эстонии ходят и поезда, и автобусы. По РФ - автобус местный Ивангород-Кингисепп, маршрутки от Ивангорода...

Если опоздаете - ночевать в Таллине, утром брать билет на др. автобус или на поезд elron. ee от Ивангорода до спб такси - 8-10 тыс руб. Или до кингисепа на такси а там на электричке или на автобусе (на Ваш вкус) можно взять билет сразу Таллин - спб на сайте люкс экспресс, эколайнс, балтикшаттл.

Ночью ничего не ходит до границы, есть чат с попутчиками, но там на свой страх и риск договариваться.