В каком городе РФ проходит граница, когда едешь из Москвы в Казахстан?

В Петропавловске проходит. В вообще эта информация есть при покупке билета.

На яндексе есть расписание. Мамлютка и Булаево - станции Казахстана, где штамп поставят о въезде или выезде.

Озинки.