Летим туром из Москвы с пересадкой в Бахрейне а/к Gulf Air, пересадка всего 45 мин, мы успеем за это время зарегистироваться на рейс Бахрейн-Гоа и сесть на него?

Если оба билета одной авиакомпании и куплены одним бронированием, то вам не надо перерегистрироваться, пересадка будет через транзитную зону и багаж полетит до конечного пункта.