Подскажите кто-то сталкивался с проблемой изъятия или попытки изъятия авто по причине истекших 60 дней гражданина РФ с ВНЖ Казахстана? То есть хотели заехать в Казахстан и не пустили или были проблемы?

Вы можете ввести авто, запретов на это нет. Но есть запрет на эксплуатацию. Т. е. вас пустят, а дальше, если у вас права РФ, паспорт РФ, действует местная страховка, вы не показываете сотрудникам полиции ВНЖ, не говорите ИИН, то есть ли у этих сотрудников возможность быстро проверить факт наличия ВНЖ? Скорее всего, быстро это установить не получится, а значит с вашим набором документов им проще поверить, что вы не имеете вид на жительство. Поэтому доехать своим ходом до места, где вы будете заниматься постановкой авто на учёт вы сможете, но спокойно передвигаться уже не получится.