Подскажите, если выезжаю из РК поездом и срок 90 дней просрочен в пределах 3х дней, предупреждение будет в устной форме или придется оформлять бумаги?

Вам могут на руки ничего не дать, но в базе сделать отметку о предупреждении. Предупреждение - это тоже протокол.

Протокол при выезде, если миграционный офицер будет на месте. Несколько дней назад миграционка Астаны отказалась оформлять 3-х дневное превышение до вылета без сопутствующего штрафа работодателю (в вашем случае собственнику)