Граждане РФ путешествующие Янтарем из Москвы в Калининград и не выходящие в Литве, покидают территорию союзного государства РФ/РБ, а потом снова въезжают в Россию?

Нет, только в Беларуси. Никаких остановок на российско-белорусской границе нет, никакого контроля Но это именно потому что Союзное Государство. Именно поэтому граждан других государств через российско-белорусскую сухопутную границу не пускают.