Собираемся впервые на Сейшелы, сейчас на этапе бронирования , подскажите пожалуйста, если авиабилеты ТУДА будут куплены у аэрофлота , а обратно через посредника clickavia, не возникнет проблем при заполнении въездного разрешения?

У вас должен быть обратный билет, куплен он через А/К или какой-то другой сервис неважно, если авиакомпания его признает.

Всё равно, у кого будут куплены билеты. Вы можете туда полететь одной ак, обратно - другой. Или уплыть на яхте оттуда. У АФ стоимость включена в билет. Просто оформите разрешение.