Скажите пожалуйста, при подаче на визу Японии справки с работы в консульство Японии для получения визы, кому нибудь звонили на работу? И представляются откуда звонят?

Ну это же не шенген японцам важно не кем вы работает, а чтобы у вас были средства для покрытия расходов в поездке. Если в финансовой части документов все ок, то справка с работы вообще не играет роли.