У меня Эстонский туристический Шенген, планирую прилететь в Вильнюс из Стокгольма. Затем да Кяне и поездом в Мск. Вопросы: 1)

Выпускают ИЗ шенгена откуда угодно по факту. Не зря ограничения имеют место именно на въезд, а не выезд.

1) не аннулируют, возможна 2) будет, пограничников РФ вы с вероятностью 99% не увидите 3) никогда не спрашивал никто внутренний паспорт, он важен только на территории РФ.

1. нет, ночёвка возможна 2 штамп РБ, пограничников РФ не будет 3. не нужен, обычно.