Подскажите, как выставлять счет другому ИП в Грузии через налоговый кабинет? И правильно ли я понимаю, что счет я могу выставить только если я плачу НДС? В нашей ситуации я пока не превысила лимит, а ИП которое оплатит счет - является плательщиком.

Инвойсы в ЛК налоговой выставляют только квалифицированные плательщики НДС для его дальнейшего зачёта/возврата. Если Вы не являетесь плательщиком НДС Вашему контрагенту-плательщику НДС такой счёт все равно никак не поможет зачесть НДС. Все остальные выставляют в произвольной форме либо как договоритесь с контрагентом.