Подскажите, а комфортно ли ехать с наличкой? Есть ли в номерах сейфы? Или закинуть все на карту транспортную и ей платить в магазинах или купить наоборот проездной на несколько дней и платить везде наличкой?

Был в ноябре и платил все везде наличкой, никаких проблем.

Очень комфортно с наличкой. Никаких проблем из-за этого, там вся инфраструктура на неё рассчитана. В магазинах, например, специальные автоматы отсчитывают сдачу вместо людей. Сейфы есть в сетевых отелях, но Япония не та страна где всерьёз нужно переживать из-за безопасности.