Насколько обязательна отметка о "клиническом осмотре" в ветеринарном паспорте для поездки на поезде по территории РФ ?

По сути это ваш единственный документ и подтверждение для такой поездки. На практике (особенно поездом) спрашивают нечасто. Но рекомендуем делать такое вещи, как минимум, чтобы хоть иногда показывать животное врачу, если у вас нет практики регулярных осмотров.