Возможно ли въехать в Казахстан по внутреннему паспорту РФ если недавно истек срок пребывания в Казахстане по загран паспорту(90 дней)?

По закону нельзя. Даже если на въезд пограничник вдруг не заметит, то может обнаружиться на выезде.

Сегодня уточнял у казахстанского пограничника на паспортном контроле: Ограничение на пребывание в РК для россиян 90 суток. Выезд и повторный въезд до окончания 90 суток не обнуляет этот счетчик. Въезд в РК и выезд в тот же день считается, как пребывание на территории на 1 сутки и на будущие посещения останется 89 суток. Где-то тут писали, что счетчик пребывания в 90 суток обнуляется, если покинуть территорию РК более чем на 3 месяца.