Если на рабочую визу в Канаду подается 2 человека в одном профиле (т. е. я и супруга). Провинциальные программы рассматривают нас как 2 потенциально разных человека? Или необходимо заводить 2 разных профиля ЕЕ?

Два разных профиля надо в таком случае.

Провинции рассылают приглашения ориентируясь на профиль и данные основного заявителя(нок, опыт работы, языки и тп). Супруга вам добавляет только баллы. Ей нужен отдельный профиль, где она будет главным заявителем, а вы депендантом, чтобы провинции рассматривали ее для своих выборок.

Ваша супруга - ваш депендант. Она имеет значение только в плане того, что при получении вами ПР, она его тоже получит. Больше никакой самостоятельности для иммиграционных программ у нее нет. Если важно, чтобы она была потенциальным заявителем, ей необходимо завести свой профиль. Вас она добавляет своим депендантом.