Друзья, скажите, кто нибудь выезжал из Кыргызстана по кыргызскому паспорту, а въезжал в Россию по российскому паспорту, имея два гражданства?

Именно так и делаю уже сколько лет, из Кыргызстана по кыргызскому, в Россию по российскому, и назад также, из России по российскому, в Кыргызстан по кыргызскому, но только по внутренним паспортам, не загран, чтобы штампики не ставили, но это наземным транспортом, а вот в аэропорту не знаю, самому было бы интересно узнать

Все так делают. Граница РФ только по паспорту РФ, граница КР по любому, но въехать и выехать нужно по паспорту одного гражданства.