Если прилетел в Армению по загран паспорту, то можно отсюда улететь по российскому, если закончится в это время уже загранник?

Можно, но нужно при вылете предъявлять оба паспорта, что бы они отметили, что это именно Вы выехали из страны. А то у них в компьютере будет значиться, что человек с паспортом таким-то где-то на территории РА бесследно затерялся.

Можно.