Подскажите кто знает, можно ли пересечь границу РФ при выезде с паспортом РА?

Вообще нет. Гражданин РФ должен выезжать из РФ по паспорту РФ. Есть исключения - если у вас на руках уведомление о втором гражданстве и вы объясните пограничникам где ваш(и) паспорт(а) РФ.