Переезд в Канаду. Если организация, где я работал, уже закрылась? Референс мне дадут, но без печатей той организации, просто директор подпишет все. Это сильно плохо? Работал официально.

Вы где нибудь видели требование, что бы стояла печать компании? На оф. сайте все подробно описано, как должен выглядеть референс и про печать компании требования не помню(лучше перепроверьте)

Не сильно. Если вы не можете предоставить требуемые документы, попробуйте предоставить такие, которые выполняют эти требования. Например, рефересы от бывшего начальства и коллег подтвердят ваши обязанности и факт работы в компании. Трудовой договор и/или трудовая книжка - тоже это подтвердит. Выписка из реестра о том, что компания прекратила свое существование убедит офицера в том, что вам не отказали в референсах по какой-то причине, а компания точно не существует. 2НДФЛ покажет, что работа была оплачиваемая. И т. п.