Подскажите пожалуйста, если у кота при чипировании вносили в базу меня (как хозяйку), а повезет его муж (в паспорте и справке он будет указан хозяином), могут ли не пустить или прокатит?

Это ок.

Пустят - сверяют только номер чипа, данные в базе при сканировании не видно. У нас кот в базе на мужа, везла я, везде я была записана как хозяин, в паспорте я была вторым хозяином.

Там вроде можно зарегиться и питомца к себе добавить больше чем 1 человеку.