Подскажите, а чтобы физически прошел перевод со счета РФ на счет в черногорском банке, надо ли счет ЧГ регистрировать в российской налоговой? Да, если в налоговой не зарегать, будет штраф, но физически деньги ведь уйдут?

Конечно, уйдут. Налоговая получит об этом инфу (если получит) постфактум.

Налоговая про этот счёт от банка никак не узнает. Да и вообще ниоткуда. Финансового обмена с Черногорией пока нет. И если вы в РФ не живёте, то вообще не обязаны о своих счетах черногорских отчитываться.

Если деньги "отправятся", то скорее всего они дойдут, если на пути не будет препятствий (неправильно заполнены реквизиты, банк корр разворачивает и так далее). Банки иногда сами спрашивают "а счет в налоговой у вас добавлен", ну и им надо еще исполнять указы, чтобы убедиться, что выводите "не специально помеченные деньги".