Планирую купить билет на самолет в Софию через Турцию из Москвы ( там время в пути выходит около 7 часов, 1 пересадка Турецкие авиалинии ).

На какой паспорт офоромлять билет - особого значения не имеет. На паспортном контроле в России обязательно предъявлять российский паспорт, на паспортном контроле в Болгарии - болгарский. В Турции - любой по желанию. Я бы оформил на российский паспорт, чтобы при вылете в РФ было меньше вопросов.