Подскажите, почему цены так разняться на сафари? 25$, 40$, 60$, программа у всех одинаковая? В чем то может есть явное отличие, или брать самый бюджетный вариант и не заморачиваться?

Да.

Говорят есть пустыни красным песком - мы такую и брали. За 25 вроде с жёлтым. Вроде не так красиво.

Различаться что угодно может: уровень транспорта, наличие гида, знание русского языка, наличие или отсутствие воды в машине, подвезут покормить и погладить верблюдов или нет...