Подскажите пожалуйста, а наличие другого ВНЖ(не страны ЕС) как либо может помешать получению студ. визы и внж Испании в будущем?

В теории нет. Например чтобы податься на внж Португалии вне России (например в Израиле) ты должен иметь паспорт или внж этой страны. А если такого внж нет, то только из России подавать документы.