Скажите пожалуйста, я правильно понимаю что если для визы в Японию есть только счёт в российском банке, то его примут, но должны быть оплачены гостиница и билеты?

Да.

Только что вышла из посольства Японии в СПб, приняли доки со второго раза: должны быть оплачены отели и справка об остатке средств с карты рф. У меня была справка из обменника валют, она не прокатила.