Вопрос такой: если лететь одной авиакомпанией с пересадкой между рейсами 2 часа, компания гарантирует состоятельность этой пересадки? Или, если первый рейс задержится, то самим придется покупать новый билет на другой самолет?

Если билет единый, то авиакомпания обязана вас доставить в пункт назначения. Важно уточнить, так как перелёт одной компаний не всегда происходит единым билетом. Хотя обычно это так.

У Pegasus, например, что-то изменилось, и больше нет единого билета до Москвы. То есть рейсы не связаны.

Иногда дают очень странные и неудобные маршруты, правда. У меня друг летел Мальта-Базель, ему поменяли на Мальта-Цюрих-Амстердам-Базель:)