Подскажите, после получения визы Португалии когда будем подаваться в сэф, нужно будет подавать новое письмо от работодателя, что он не против удаленной работы?

Вообще-то, как повезёт. У нас, например, минимум документов (без свежих СоН, СоБ, посадочных…) запросили при подаче в СЕФ. Зато! Велели донести некий особый «НИФ ДНомада» (несуществующий в природе). Обычный НИФ через неделю не приняли, а еще через неделю взяли его же без разговоров. Похоже это была выдумка сотрудника, принимавшего документы в последний день работы СЕФ или его начальника на которого тот сослался, говоря что это новое требование к ДН.