Подскажите пожалуйста где купить билет на поезд из Токио до Киото?

Если сразу после прилета, можно купить в аэропорту, сразу на экспресс до Токио, а оттуда до Киото. Или на станции в Токио.. Можно в автомате или в офисе на станции.

В дневное время на сайте перевозчика, smart-ex jp если есть возможность оплатить иностранной картой.

Посмотрите, где ближайшие кассы на Шинкасены JR. Я в метро в автомате покупала.