Доброй ночи. Оплатил small business tax дважды (через моб. приложение бог и через сайт налоговой). Может кто-то уже так лажал:) не подскажете, что в таком случае происходит с вторым платежом?

Он будет висеть в переплате скорее всего.

Все платежи должны зачислиться на Ваш счёт в ЛК налоговой и откуда затем деньги будут сниматься. Проконтролируйте, чтобы все зачислилось через вкладку Общая информация.