Имеет смысл брать reserved seat или можно спокойно сесть в вагон без резервированных мест? в Японии

Если не какой-то особый день, когда людей много, то можно сесть и так. Мы как-то раньше закончили дела в одном городе, уехали раньше на поезде без резерва мест.

Не имеет.