При пересадке из международного на внутренний рейс в Китае, таможню проходить в конце пути? Или при пересадке? Одна авиакомпания.

Да, нужно при влете в Китай. Во время пересадки с международного рейса на внутренний.

Я проходил в Пекине и дальше вылетел в Ухань.. чемодан не получал, получил чемодан в Ухань.