Из Израиля в Россию нужно вылетать по заграну или Теудат маавру? И возвращаться?

Если не действует разрешение вылетать по паспорту другой страны (а сейчас оно действует), то да, по тм. Это удобнее, через автоматические ворота проходите.

Так теудат маавар - это и есть форма заграна) Если он у вас имеется, вылетать по нему.