Должен был сделать регистрацию в Киргизии до 25 декабря, но не успел, а 4 января уже собираюсь улетать в РФ. Надолго ли могут задержать на границе из-за этого?

Без оплаты штрафа не выпустят. Надо будет до того как выезжаете, оплатить штраф в городе. Чтобы вас потом не развернули с границы.

И завтра у Вас последний день для оплаты штрафа. Дальше выходные до 8 января.

Да, могут продержать долго. Приезжайте в аэропорт как можно заранее и готовьте деньги на штраф.