Подскажите, по визе D7 возможен въезд через другие страны Шенгена? Что требуется для подтверждения приезда затем в Португалию?

Возможен. Посадочные талоны и подтверждение проживания в отеле. Отель должен сам сдать данные сэф, но лучше у них это уточнить и взять бумагу о проживании с их штампами и всеми гостями вашей брони.