SEF при подаче как-то проверяет рабочий контракт? Может звонят работодателю? При рассмотрении на визу.

А зачем? вы же доп. документы предоставляете. потом может случиться дозапрос чего-то и вы должны будете предоставить. а если несостыковка или непрозрачность - будет проще отказать. В общем, тут на ваш страх и риск.

Нашему работодателю по одному из коллег звонили и уточняли. От сотрудника сефа зависит.

Да, могут делать запросы.