У меня два паспорта, по одному я въезжал в Грузию, во втором шенген Мне нужно грузинским и испанским пограничникам показывать разные паспорта? Или показывать только тот что с шенгеном обоим?

Берите оба паспорта. Где то в чате писали, что грузинским нужен именно тот, где штамп стоит.

Грузинским показываете тот, по которому въезжали в Грузию, испанским тот, где Шенген. Грузины могут попросить показать второй паспорт, в котором виза, чтобы посмотреть что она у вас имеется.