Подумываю улететь домой из Португалии, если лететь с пересадкой через другую страну ЕС будут ли какие то последствия?

Да, вас могут оштрафовать и запретить въезд в Шенген, если у вас кончилась виза или уже пошел оверстей (находитесь здесь более 90 дней). Если будете улетать, то нужно лететь прямым рейсом за пределы Шенгена. Манифестация имеет силу только в Португалии. Для других стран это просто бумажка. Вернуться без действующей визы тоже будет сложно.