Для подачи в сеф NIF уже должен быть с португальским адресом или подойдет представитель? 2) поменяют ли адрес в NIF по контракту и регистрации в финансисш или обязательно нужна справка из жунты?

Смена на португальский адрес в Нифе (не для ИП) возможна только после СЕФа, так что вряд-ли будет обязательной опцией даже для ИП. Без манифешстау (для ИП) или без подтверждения записи в Аима (или карточки внж) точно не поменять, остальное - рандом.