Прилетели в Мексику, сделали электронную визу на 30 дней, но при въезде нам поставили штамп в паспорте всего на 9 дней, подскажите нужно вылетать по штампу или можно оставаться по визу в стране?

Не парьтесь. При вылете заплатите штраф 600 песо. И то, если его назначат. В базах это не оседает. Въезд в страну не закроют. Хоть завтра обратно.

У Вас не виза, а разрешение на въезд. Законно именно пребывание, обозначенное пограничником. Если Вы турист, то максимум - заплатите штраф при выезде.