Подскажите, по визе Д Франции пускают в Эстонию? Далее во Францию полетим.

Да вроде с билетами в страну проживания, букингами отелей если ночуете проблем не должно быть.

Пускают без проблем. Если вы студент, то могут попросить показать валидацию визы, но крайне редко это бывает.