Подскажите, на какой паспорт покупать билет Кишинев-Москва? В Кишинев прилетела по паспорту РФ. На таможне давала оба паспорта РФ и МД.

Это абсолютно не важно. На какой удобно. На тот, на который Ваш аккаунт в а/к зарегистрирован, например. Не связано с пересечением границы.