Сбираемся ехать летом с нац визой D (Германия) вариантом Москва-Кяну-Вильнюс-Франкфурт, гражданство у нас пока только РФ. Могут ли возникнуть какие-то проблемы, например с покупкой билетов и посадкой на рейс RyanAir?

Основания для визы D с собой захватите на всякий случай.

Никто не знает, что будет летом. Документ вроде до мая, каким и будет ли вообще он после никому неизвестно.

Планируйте пока маршрут Москва - Астана - Франкфурт. Это самолётом.