А можно ли вылететь из России в Кишинёв через Ереван или Стамбул по молдавскому паспорту гражданину России?

Вылетать из России можно только по паспорту РФ, а в Стамбуле точно можно показать паспорт РМ. Про Армению не в курсе.

Порядок выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию граждан Российской Федерации, имеющих также иное гражданство. В соответствии с положениями статьи 6 Федерального закона от 3 мая 2002 г. № 62-ФЗ «О гражданстве Российской Федерации» гражданин Российской Федерации, имеющий также иное гражданство, рассматривается Российской Федерацией только как гражданин Российской Федерации, за исключением случаев, предусмотренных международным договором Российской Федерации или федеральным законом. Таким образом, выезд из Российской Федерации и въезд в Российскую Федерацию гражданина Российской Федерации, имеющего также иное гражданство, возможен только по документу, удостоверяющему его личность как гражданина Российской Федерации.