Подал декларацию за ИП в Грузии, оплатил, оказалось что не зачли Оплатил еще раз, но там остались какие-то копейки Серьезно ли это?

Если не зачли, подается заявление на розыск и зачисление платежа. По всей вероятности, Вы его по первой оплате не подавали, насчиталась пеня, так как вторая оплата уже была произведена не вовремя, вторая оплата зачислилась и списалась, но на пеню уже не хватило. Подайте заявление на розыск и зачислен первого платежа. И на будущее - проверять зачисление во вкладках по Проверке налогового долга, подавать заявление на зачисление оплаты, если не зачислилась в течение 2-3 рабочих дней.