Пустят ли в эстонию с рф гражданством и шенгенской визой выданной не Эстонией, к родителям проживающих постоянно в Эстонии?

Если у родителей именно pikaajaline внж.

Пустят. При наличии доков подтверждающих родство. Обеспечением, страховкой, обратным билетом.