Если я ИП с ИТ-сертификатом, то основной налоговый режим у меня – налог с оборота? Значит, если, например, мне клиент оплатил к нему перелёт на встречу и в invoice написано "expenses" – мне нужно с них платить налог? Какой? Или я полностью неправ?

У Вас налог на прибыль, общий режим налогообложения. Доходы минус расходы.

Строго говоря, все что вам досталось бесплатно (или с серьезной скидной от рыночной цены), вы должны учесть как доход Вам оплатили перелет? Это формально ваш доход. Ну если мы говорим о том, как это «по канону» должно быть с точки зрения отражения деятельности в бухучете. По факту же, ИПшник которого раз в квартал свозили бесплатно на пару дней, мало кого интересует.